1) Sistem pelayanan perkara di PengadilanAgama/Mahkamah Syar’iyah menggunakan sistem meja, yaitu sistem kelompok kerja yang terdiri dari: Meja I (termasuk di dalamnya Kasir), Meja II dan Meja III.
2) Petugas Meja I menerima gugatan, permohonan, verzet, permohonan eksekusi dan perlawanan pihak ketiga (derden verzet).
3) Perlawanan atas putusan verstek (verzet) tidak didaftar sebagai perkara baru, akan tetapi menggunakan nomor perkara semula (verstek) dan Pelawan dibebani biaya untuk pemanggilan dan pemberitahuan pihak-pihak yang ditaksir oleh petugas Meja I.
4) Perlawanan pihak ketiga (derden verzet) didaftar sebagai perkara baru.
5) Dalam pendaftaran perkara, dokumen yang perlu diserahkan kepada petugas Meja I adalah:
a) Surat gugatan atau surat permohonan yang ditujukan kepada Ketua Pengadilan Agama / Mahkamah Syar’iyah yang berwenang.
b) Surat Kuasa Khusus (dalam hal Penggugat atau Pemohon menguasakan kepada pihak lain).
c) Fotokopi Kartu Anggota Advokat bagi yang menggunakan jasa advokat.
d) Bagi Kuasa Insidentil, harus ada surat keterangan tentang hubungan keluarga dari Kepala Desa / Lurah/gampong/nagari dan/atau surat izin khusus dari atasan bagi PNS dan Anggota TNI/Polri. (Surat Edaran TUADA ULDILTUN MARI No. MA/KUMDIL/8810/1987).
e) Salinan putusan (untuk permohonan eksekusi).
f) Salinan surat-surat yang dibuat di luar negeri yang disahkan oleh Kedutaan atau perwakilan Indonesia di negara tersebut, dan telah diterjemahkan ke dalam bahasa Indonesia oleh penerjemah yang disumpah.
6) Surat gugatan / permohonan diserahkan kepada petugas Meja I sebanyak jumlah pihak, ditambah 3 (tiga) rangkap untuk Majelis Hakim.
7) Petugas Meja I menerima dan memeriksa kelengkapan berkas dengan menggunakan daftar periksa (check list).
8) Dalam menaksir panjar biaya perkara, petugas Meja I berpedoman pada Surat Keputusan Ketua Pengadilan Agama/Mahkamah Syar’iyah tentang Panjar Biaya Perkara.
9) Dalam menentukan panjar biaya perkara, Ketua Pengadilan Agama / Mahkamah Syar’iyah harus merujuk Peraturan Pemerintah Nomor 53 Tahun 2008 tentang PNBP, Peraturan Mahkamah Agung RI Nomor 2 Tahun 2009 tentang Biaya Proses Penyelesaian Perkara dan Pengelolaannya Pada Mahkamah Agung dan Badan Peradilan Yang Berada Di Bawahnya serta peraturan terkait lainnya.
10) Komponen PNBP yang ditaksir meliputi biaya pendaftaran dan hak redaksi, sedangkan biaya PNBP di luar biaya pendaftaran dan hak redaksi ditaksir sendiri, tidak masuk panjar biaya.
11) Dalam menaksir panjar biaya perkara perlu dipertimbangkan hal-hal sebagai berikut:
a) Jumlah pihak yang berperkara.
b) Jarak tempat tinggal dan kondisi daerah para pihak (radius).
c) Untuk perkara cerai talak harus diperhitungkan juga biaya pemanggilan para pihak untuk sidang ikrar talak.
d) Biaya pemanggilan para pihak untuk menghadiri proses mediasi lebih dahulu dibebankan kepada pihak Penggugat melalui uang panjar biaya perkara.
12) Setelah menaksir panjar biaya perkara, petugas Meja I membuat Surat Kuasa Untuk Membayar (SKUM) dalam rangkap 4 (empat) :
a) Lembar pertama warna hijau untuk bank.
b) Lembar kedua wana putih untuk Penggugat / Pemohon.
c) Lembar ketiga warna merah untuk Kasir.
d) Lembar keempat warna kuning untuk dimasukkan dalam berkas.
13) Surat Keputusan Ketua Pengadilan Agama/ Mahkamah Syar’iyah tentang Panjar Biaya Perkara harus ditempel pada papan pengumuman Pengadilan Agana.
14) Petugas Meja I mengembalikan berkas kepada Penggugat/Pemohon untuk diteruskan kepada Kasir.
15) Penggugat/Pemohon membayar uang panjar biaya perkara yang tercantum dalam SKUM ke bank.
16) Pemegang Kas menerima bukti setor ke bank dari Penggugat/Pemohon dan membukukannya dalam Buku Jurnal Keuangan Perkara.
17) Pemegang Kas memberi nomor, membubuhkan tanda tangan dan cap tanda lunas pada SKUM.
18) Nomor urut perkara adalah nomor urut pada Buku Jurnal Keuangan Perkara.
19) Pemegang Kas menyerahkan satu rangkap surat gugatan/permohonan yang telah diberi nomor perkara berikut SKUM kepada Penggugat/ Pemohon agar didaftarkan di Meja II.
20) Petugas Meja II mencatat perkara tersebut dalam Buku Register Induk Gugatan/Permohonan sesuai dengan nomor perkara yang tercantum pada SKUM.
21) Petugas Meja II menyerahkan satu rangkap surat gugatan/permohonan yang telah terdaftar berikut SKUM rangkap pertama kepada Penggugat/ Pemohon.
22) Petugas Meja II memasukkan surat gugatan/ permohonan tersebut dalam map berkas perkara yang telah dilengkapi dengan formulir : PMH, Penunjukan Panitera Pengganti, Penunjukan Jurusita Pengganti, PHS dan Instrumen.
23) Petugas Meja II menyerahkan berkas kepada Panitera melalui Wakil Panitera untuk disampaikan kepada Ketua Pengadilan Agama / Mahkamah Syar’iyah.
24) Dalam waktu paling lambat 2 (dua) hari kerja berkas perkara sebagaimana angka (22) di atas harus sudah diterima oleh Ketua Pengadilan Agama/Mahkamah Syar’iyah.
25) Prosedur pengajuan berperkara secara prodeo atau LPBP mengacu kepada ketentuan PERMA Nomor 1 Tahun 2014 tentang Pedoman Pemberian Bantuan Hukum Bagi Masyarakat Tidak Mampu Di Pengadilan atau lebih khusus sudah diatur dalam petunjuk teknis yang diterbitkan Badilag dengan Surat Edaran Nomor 0508.a/DjA/HK.00/III/2014 tentang Petunjuk Teknis Pelaksanaan Peraturan Mahkamah Agung RI Nomor 1 Tahun 2014 tentang Pedoman Pemberian Bantuan Hukum Bagi Masyarakat Tidak Mampu Di Pengadilan.